根據認知行為矯正原理，不適應的行為來源于某些認知上的障礙。因此，干預的重點應是改變兒童的思維和問題解決過程，以達到兒童行為和認知的變化。這種模式有兩個基本的假設：首先，在干預過程中，兒童是一個主動的參與者，兒童的經驗只能放在兒童認知能力的背景中去解釋；其次，干預應與兒童現有的認知能力水平相一致。伯恩斯坦發現，自我指導訓練更適合于同齡兒童中的具有較高智力的孩子。

從更廣泛的角度看，岑國楨總結了認知行為矯正的四個理論假設，它們分別是：（1）認知活動對行為變化起中介作用，絕大多數適應不良的問題行為，都與相應起中介作用的失調的認知活動有關；（2）人類行為的交互決定論是該模式的理論基礎；（3）個體的若干認知對行為矯正特別重要，這主要包括個體對自己生活事件的編碼與分類、對行為結果的預期、對行為效能的預期等；（4）情感與認知、行為有密切聯系，個體改變是其身心狀態的整體改變。